多年后的世界，人类经历病毒的浩劫，劫后余生的人类科学家试图使用时光机力挽狂澜，主人公被送往过去，真相渐渐浮出水面，主人公却疯了，最后，真相出乎意料，放病毒的竟然是……主人公竟成为了恶梦中的死者。一切都成了一个圆圈，但事情似乎又有了新的转机……

有些凌乱的剧情，灰暗的未来，不可更改的宿命，这便是《十二猴子》这部影片，有些文不对题，整部影片虽然有关于一个“十二猴子”里团的描写，但却是清描淡写，只能称之为点缀而已。

剧情开始于未来世界的牢房，一个犯人正做着曾无数次做过的梦，他梦见他在机场，正准备和父母去加州旅行，这时，机场中出现了惊人的一幕：一个男子拔枪正准备向另外一个人开枪，而正在他要扣动扳机的时候，警察打死了他……正在这时，他被叫醒了，未来的科学家把他叫去，要他去做时空侦探，查出并阻止过去放出指名病毒的元凶，这样便可以赦免他的罪行，他接收了……

以后遇见的，则是恶梦，口中声称要阻止元凶的他被关进了精神病院，被拯救回未来的他又被送去了一站，然后又被送进了病毒出现的前一段时间，到此，主人公被整疯了，无法区分现实与未来，完全忘了他的使命，只想活在当下，当他与恋人准备去过新生活时，他在机场看到了元凶，突然记起使命，他拔枪准备杀元凶，但被警察打死，病毒最终无法被制止，儿时的恶梦出现在了自己的身上……

仔细一想，“十二猴子”却是一个非常适合的名字，“十二”是一个轮回，暗合了整个影片的剧情，细看该片，不难发现有许多命运的“圆”，一切都是注定，看似自由的主人公成了历史中的人物，本片其实就是一个大圆套小圆的过程，而在这命运之圆上，似乎有一只猴子，嘻嘻哈哈地嘲笑着人们，嘲笑人类的渺小，这也许就是本片的主题吧！

时钟之上，是否真的有一只可笑的猴子嘲笑着更加可笑的人类呢？